Ban quản lý Khu Nông nghiệp Công nghệ cao gồm:

• Khối Văn phòng Ban gồm có 4 phòng chuyên môn:

1. Văn phòng

2. Phòng Kế hoạch – Tài chính

3. Phòng Khoa học và Đào tạo

4. Phòng Quản lý Đầu tư và Doanh nghiệp

• Các đơn vị trực thuộc gồm:

1. Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Nông nghiệp Công nghệ cao

2. Trung tâm Ươm tạo Doanh nghiệp Nông nghiệp Công nghệ cao

3. Trung tâm Khai thác hạ tầng

4. Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp Nông nghiệp Công nghệ cao

5. Ban Quản lý Trung tâm Thủy sản

6. Trường Trung cấp Kỹ thuật Nông nghiệp